Mit dem zweiten S-Bahn-Tunnel entstehen auch drei neue Bahnhöfe - unter dem Hauptbahnhof, unter dem Marienhof hinter dem Rathaus und unter dem Ostbahnhof beziehungsweise dem Orleansplatz in Haidhausen. Weil der Münchner Untergrund bereits von der bestehenden S-Bahn-Stammstrecke und zahlreichen U-Bahnlinien durchzogen ist, müssen die Baufirmen sich zur Errichtung des neuen Bauwerks unter der bestehenden Infrastruktur hindurchwühlen - deshalb liegen die beiden Tunnelröhren wie auch die drei Bahnhöfe bis zu 40 Meter unter der Erde.
Mit Aufzügen und über lange Rolltreppen sollen die Fahrgäste an die Oberfläche sowie zu den Umsteigeebenen mit den anderen Verkehrsmitteln gelangen. Eine möglichst luftige Architektur der Zugangsbauwerke soll dafür sorgen, dass die extreme Tieflage den Fahrgästen wenig ausmacht.
Er wird eines der teuersten und spektakulärsten Bauprojekte der Republik - wenn er denn je realisiert wird: ein zweiter S-Bahn-Tunnel quer durch München. Erste Simulationen zeigen, wie es im Untergrund dann aussehen soll.
Kritiker allerdings bemängeln die teils äußerst langen Fußwege, die Umsteiger aufgrund der tiefen Bahnhöfe künftig werden zurücklegen müssen. Am Hauptbahnhof zum Beispiel müssen Fahrgäste, die von der U 4/5 kommen, zunächst nach oben in die Verteilerebene des Hauptbahnhofs gehen, um dann von dort wieder ganz nach unten auf den in 40 Meter Tiefe liegenden Bahnsteig des zweiten S-Bahn-Tunnels zu gelangen.
Die Deutsche Bahn (DB) hatte eigentlich geplant, hier einen direkten Zugang vom Bahnsteig der U 4/5 zu einem Verbindungstunnel zu graben - dagegen hatte sich aber die Münchner Verkehrsgesellschaft (MVG) gewehrt. Die MVG-Leute hatten argumentiert, die zusätzlichen Treppenanlagen würden den ohnehin schon knapp bemessenen Platz auf dem bestehenden Bahnsteig der U-Bahn noch zusätzlich verengen, was vor allem im Berufsverkehr und während des Oktoberfests kritisch werden könnte.
Im Zusammenhang mit der Tieflage kritisieren die Gegner des zweiten Tunnels auch immer wieder das aus ihrer Sicht mangelhafte Rettungskonzept. So seien etwa die Fluchtwege in einigen Rettungsschächten zu eng bemessen; auch die Berufsfeuerwehr hatte darauf gedrängt, zusätzliche Rettungsfahrstühle zu installieren, damit Helfer bei einem Notfall rasch nach unten gelangen können. Bahn und Genehmigungsbehörde hatten dies abgelehnt: Die Planung entspreche den derzeit geltenden Vorschriften. Zusätzliche Maßnahmen, wie von der Feuerwehr gefordert, seien nicht nötig.
