Der S-Bahn-Vertrag soll bis zum Jahr 2034 gelten und ist ein sogenannter Bruttovertrag. Das heißt, dass die Einnahmen aus Ticketverkäufen künftig der Freistaat kassiert, damit aber auch die Risiken übernimmt. Die Bayerische Eisenbahngesellschaft (BEG), die im Auftrag des Freistaats die S-Bahnleistungen bestellt und finanziert, zahlt der Bahn jeden Monat ein festes Bestellerentgelt, das sämtliche Sach- und Personalkosten der S-Bahn abdeckt. Finanzielle "Anreizelemente" sollen dafür sorgen, dass die Bahn auf Qualität achtet. So gibt es etwa Boni für besonders gute Leistungen bei Pünktlichkeit oder Sauberkeit und bei Fahrgaststeigerungen. Umgekehrt wird bei schlechten Leistungen das Bestellerentgelt gekürzt.

Bei der Pünktlichkeit ist die BEG künftig strenger. Galt ein Zug bisher erst ab sechs Minuten als verspätet, gilt dies fortan ab drei Minuten. Ferner sanktioniert die Bayerische Eisenbahngesellschaft von der S-Bahn München eigenverschuldete Zugausfälle sowie Abweichungen von der Regelzugbildung, also wie lang ein Zug zu sein hat, um ausreichend Passagiere aufzunehmen. Bestimmte Kapazitäten muss die Bahn auch beim Schienenersatzverkehr einhalten.

Für die Züge gilt: Von Montag bis Freitag wird bei rund 200 Fahrten an heutige Vollzüge - bestehend aus zwei Triebwagen der Baureihe ET 423 - ein weiterer dritter Triebwagen angehängt. Diese Verstärkungen sind über den Tag verteilt auf allen Linien vorgesehen. Ein so verstärkter Zug fasst somit 50 Prozent mehr Fahrgäste.

Diese sollen zudem einen verbesserten Service bekommen. An den hochfrequentierten Stationen Flughafen, Hauptbahnhof, Marienplatz und Laim sollen Servicemitarbeiter bereitstehen und Fahrgästen zum Beispiel beim Ticketkauf oder Ein- und Aussteigen helfen, Fahrplanauskünfte oder Orientierung an den Stationen sowie touristische Auskünfte geben oder auch Fundsachen annehmen. In Störfällen sollen sie helfen, das Durcheinander am Bahnsteig zu vermindern. Bis Mitte 2023 solle zudem alle 238 ET-423-Züge mit kostenlosem Wlan ausgestattet sein. Eine weitere Leistung, die in dem neuen S-Bahn-Vertrag geregelt ist: Die Bahn muss spätestens von Januar 2022 an bei Verspätungen Kundengarantien geben, die über die gesetzlich vorgegebenen Anforderungen hinausgehen: Dann haben zunächst Abonnement-Kunden und Zeitkarteninhaber bereits ab einer Verspätung von 30 Minuten (statt heute 60 Minuten) Anspruch auf Erstattungsleistungen.

Was die Takte angeht, so baut die BEG das Angebot auf allen Linien am frühen Morgen aus. Entlang der Außenäste gilt montags bis freitags ein durchgehender 20-Minuten-Takt von Betriebsbeginn bis Ende der morgendlichen Hauptverkehrszeit. Alle Fahrten starten und enden dann an den jeweiligen Endpunkten.

"Wir holen zunächst das aus dem System heraus, was mit der heutigen Infrastruktur noch möglich ist", teilt Bayerns Verkehrsministerin Kerstin Schreyer (CSU) mit. Nach Inbetriebnahme der zweiten S-Bahn-Stammstrecke soll dann in einer zweiten Betriebsstufe das Verkehrsangebot deutlich ansteigen: von 20,9 Millionen um rund 40 Prozent auf 29,1 Millionen Zugkilometer pro Jahr. Nach immer noch offizieller Lesart soll die Stammstrecke 2028 fertig sein, vermutlich verschiebt sich die Inbetriebnahme aber bis 2032 - das würde auch die lange Laufzeit des neuen S-Bahn-Vertrages erklären. Diesen bezeichnet Andreas Barth vom Fahrgastverband Pro Bahn als "konsequentes Weiter-so". Es gebe noch jede Menge "unerledigter Hausaufgaben", so Barth. Große Sprünge seien nicht dabei, wirkliche Verbesserungen ließen sich nur mit dem Ausbau der Schieneninfrastruktur erreichen. Ministerin Schreyer liege also richtig mit ihrer Aussage, dass aktuell nicht mehr drin sei.

Mit der zweiten Betriebsstufe sollen dann aber unter anderem Grundtakte verdichtet, neue Express-S-Bahnen und Regional-S-Bahnen eingeführt und 110 neue Züge mit mehr Platz für Passagiere beschafft werden, die die derzeitige Fahrzeugflotte ergänzen und später nach und nach ersetzen sollen. Der Freistaat organisiert die Finanzierung der Züge, für die es eine "Wiedereinsatzgarantie" gibt. Da der Freistaat die Bahnleistungen 2034 neu ausschreibt, sollen die beschafften Neufahrzeuge auch bei einem möglichen Betreiberwechsel zu klar geregelten Bedingungen auf einen neuen Betreiber übergehen können. Das S-Bahn-Netz könnte dann in verschiedene Teilnetze aufgeteilt und in einzelnen Losen vergeben werden.